合理的阵容安排是提升战力的核心要素。首先要明确的是，阵容的构建不仅依赖于单个忍者的强度，更需要考虑羁绊效果、站位搭配以及功能互补。羁绊系统是游戏的核心机制之一，高级卡牌与特定卡牌同时上阵时能激活属性加成，因此优先选择能互相触发羁绊的忍者组合至关重要。木叶阵营的三忍组合（纲手、自来也、大蛇丸）能激活20%生命和攻击加成，而晓组织的长门、小南、佩恩等组合则能发挥群体控制和爆发输出的优势。羁绊的合理搭配能让整体战力产生质变，因此在资源有限的情况下，应优先培养能形成完整羁绊体系的忍者。
站位安排同样不可忽视，合理的阵型能最大化发挥忍者的特性。通常情况下，前排应放置高防御或具备无敌技能的坦克型忍者，例如秋道丁次的无敌效果能为团队争取输出时间；中排适合部署控制型或均衡型角色，如奈良鹿丸的后排单体控制能限制敌方关键单位；后排则优先安排治疗或高爆发忍者，例如山中井野的群体治疗能有效维持团队生存。需某些忍者的技能效果与站位密切相关，例如鬼鲛的减怒技能更适合先手释放，因此需根据实际情况调整位置。
由于银币和金币的获取有限，应集中资源培养核心阵容中的忍者，避免分散投入。装备强化、觉醒和进阶是提升战力的主要途径，优先为主力忍者配备高等级装备，并利用洗练石优化属性。每日挑战纲手和九尾妖狐能稳定获取银币，而竞技场和推图三星奖励则是金币的重要来源。合理规划体力与精力的使用，例如在特定时间段领取免费体力，能更高效地推进副本和提升等级。
后期阵容的构建需要更注重战术协同。晓组织以高爆发和控制见长，适合快速解决战斗；五影组合则偏向均衡和持续作战能力。若团队缺乏治疗，可考虑搭配纲手或静音等奶妈角色；若需要增强控制链，则可加入长门或宇智波鼬等拥有群体限制技能的忍者。阵容的灵活性也很重要，根据敌方配置调整上阵忍者，例如面对高爆发队伍时增加防御型羁绊，或针对后排核心部署定点控制。
